Таможенный перевозчик несет юридическую ответственность перед таможенными органами, включая уплату таможенных платежей, до фактической передачи товаров владельцу склада временного хранения в месте доставки либо фактической передачи товаров лицу, обладающему полномочиями в отношении этих товаров, с разрешения таможенного органа назначения после доставки товаров в этот орган. Документом, подтверждающим доставку товаров, является таможенный документ, используемый при доставке товаров под таможенным контролем или при таможенном режиме транзита, в котором должностным лицом таможенного органа назначения сделана надпись «Товар поступил», заверенная подписью и личной номерной печатью этого должностного лица.

При выдаче без разрешения таможенного органа, утрате товаров или недоставлении их в таможенный орган назначения таможенный перевозчик должен уплатить таможенные платежи, которые подлежали бы уплате соответственно при таможенных режимах выпуска для свободного обращения или экспорта, за исключением случаев, когда товары оказались уничтоженными, безвозвратно утерянными вследствие аварии или действия непреодолимой силы, либо недостача произошла в силу естественного износа или убыли при нормальных условиях транспортировки и хранения, либо товары выбыли из владения вследствие неправомерных, по законодательству Российской Федерации, действий органов или должностных лиц иностранного государства.

При этом следует отметить, что таможенные платежи исчисляются на день совершения правонарушения, а если такой день невозможно установить — на день обнаружения правонарушения. Уплата таможенным перевозчиком таможенных платежей не освобождает его от ответственности за нарушение таможенных правил.